印度尼西亚位于亚洲东南部，地跨赤道，与巴布亚新几内亚、东帝汶、马来西亚接壤，与泰国、新加坡、菲律宾、澳大利亚等国隔海相望。
印度尼西亚地跨赤道（12°S-7°N），其70%以上领地位于南半球，因此是亚洲南半球最大的国家（东帝汶也是南半球国家）。经度跨越96°E到140°E，东西长度在5500千米以上。
印尼是世界上最大的群岛国家，由太平洋和印度洋之间约17508个大小岛屿组成。陆地面积约190.4万平方千米，海洋面积约316.6万平方千米（不包括专属经济区）。北部的加里曼丹岛与马来西亚隔海相望，新几内亚岛与巴布亚新几内亚相连。东北部面临菲律宾，西南部是印度洋，东南与澳大利亚相望。海岸线总长54716千米。

印尼岛屿分布较为分散，主要有加里曼丹岛、苏门答腊岛、伊里安岛、苏拉威西岛和爪哇岛。各岛内部多崎岖山地和丘陵，仅沿海有狭窄平原，并有浅海和珊瑚环绕。
加里曼丹岛，山地从中部向西面伸展，沿海平原广阔，南部多沼泽。
苏门答腊岛，山脉自西北向东南斜贯，山脉东北侧为丘陵和较宽的沿海冲积平原，平原东部多沼泽。
苏拉威西岛，大多为山地，仅沿海有狭窄平原。
爪哇岛，北部是平原，南部是熔岩高原和山地，山间多宽广的盆地。
伊里安岛，西部高山横亘，有印尼最高峰和世界最高的岛屿山峰查亚峰，海拔5030米，南部平原较宽广。

典型的热带雨林气候，年平均温度25-27℃，无四季分别。北部受北半球季风影响，7-9月降水量丰富，南部受南半球季风影响，12月、1月、2月降水量丰富，年降水量1600-2200毫米。

印尼河流众多，水量丰沛，但都比较小。较大的河流有爪哇岛的梭罗河以及加里曼丹岛的巴里托河、卡普阿斯河、马哈坎河，其中梭罗河全长560公里。较大的湖泊有多巴湖、马宁焦湖、车卡拉湖、坦佩湖、托武帝湖、帕尼艾湖等，其中苏门答腊的多巴湖为印尼第一大湖。